碩士班課程秉持理論與實際並重的原則，重視實驗與實做。核心必修課程有高等細胞生物學（理論），培養學生紮實的基礎知識，以及高等生物技術（理論），現代生物技術及分子診斷（實驗）和尖端生物技術—分子細胞學（實驗），培養學生基本的醫學生物技術研究能力。選修課程則分為四大領域，分別是轉譯癌症醫學暨分子檢驗、預防醫學檢驗、感染疾病研究、檢驗試劑研發等，均是目前醫學生物技術的主流，學生可依據自己的興趣選擇一到兩個領域鑽研。畢業前必須完成一個專業學程：「大數據與精準醫學專業學程」、「病原體鑑定技術專業學程」、「試 劑與醫材研發專業學程」
